пож-та помогите разобраться с налогом на коммерческую недвижимость
 

Купил в 2015 году нежилое помещение за 1 млн.руб и в том же году продал за 1млн. руб.
все это время был оформлен как ИП, недвижимость оформлялась просто на меня как на физ. лицо. В налоговой сказали, что мне придется заплатить 6%(я на упрощенке) с дохода за продажу недвижимости т.е. с 1млн. руб., при этом никакие вычеты не действуют, кто знает что можно сделать?

А вид деятельности у вас какой основной? Говорить они могут много чего.Если вид деятельности у вас ни как не связан с недвижимостью, но вы ни чего не платите, подаете 3-НДФЛ

в том то и дело есть оквэд продажа и сдача в аренду

Существенным фактором является, использовали ли вы имущество в коммерческой деятельности (доходы от сдачи в аренду в виде поступлений на р/сч ИП)и в качестве кого указаны продавцом-покупателем в договорах купли-продажи. Куда поступали средства от продажи помещения, не на расчетный счет ИП?

В свидетельствах на собственность статус ИП никогда не указывается, это не ориентир.

Сдавайте декларацию 3-НДФЛ с нулевой базой, можете сразу приложить к ней копии договоров купли-продажи с ФИО - стороной договора.
И сдавайте декларацию по УСН, не включая доход от продажи помещения. Ждите 3 месяца, отводимые на камеральные проверки деклараций.

Во Вселенной Вы не одиноки, есть вот такое письмо Минфина от 23 апреля 2013 г. N 03-04-05/14057 [url]http://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/70269896/[/url], можно поискать и еще)