Ошибочный акт.
 

В 2016г. бухгалтером был ошибочно выставлен акт выполненных работ ( и сч/ф тоже). Оплаты соответственно мы не получали.Это выяснилось после акта сверки. Как можно убрать этот акт? И на что это повлияет? Надо ли сдавать уточненки? В общем, какие должны быть действия?

Сторнируете текущей датой, подаёте уточненку по НДС за период, когда был выставлен ошибочный сч/ф.
Ещё момент. Отсутствие оплаты не говорит о том, что услуги не были оказаны .

если акт не подписан заказчиком, то вероятно не оказаны.