ООО арендует помещения у ИП, который является единственным учредителем у ООО
 

Аренда по среднерыночной цене, ИП платит налог.
Могут ли быть проблемы у ООО?

Если цена аренды действительно адекватная - проблем не будет.

1-Natali Nik >Благодарю, обнадежили.

Чтоб не создавать отдельную тему:
Хочу у ООО сменить юр.адрес, переехав в собственное (сам единственный участник, не ИП) нежилое помещение.
В связи с этим подскажите:
-сейчас в налоговую №4 нужно представлять договор аренды (в №5 вроде не предоставлял,когда менял только номер помещения)?
- если да, думаю состряпать договор, безвозмездный, не на всю площадь помещения, а ,допустим на 2 кв.метра?

Или как лучше?

3, Во-первых, правила предоставления документов для регистрационных действий едины для всей страны и не меняются от инспекции к инспекции.
Во-вторых, договор у Вас попросить могут но Вы его представлять по закону не обязаны.