когда выписывать счет-фактуру?
 

От покупателя во 2 кв. мы получили аванс ( на изготовление изделия). Изделие изготовливает поставщик, которому тоже перечислили аванс.
В 3 кв. произошел окончательный расчет между покупателем и нами, и нами и поставщиком. Поставщик нам выслал сч/ф на товар ( хотя в действительности товар еще на стадии изготовления).Сейчас в 4 кв. товар будет готов и покупатель реально сможет получить свой товар.
Подскажите: во 2 кв. должны быть сч/ф на аванс? А дальше как быть со сч/ф? Когда выписывать покупателю сч/ф? В 3 кв или в 4кв?

...и еще вопрос: вычет по НДС у меня получается в 3 кв? и в 3 кв. я должна его платить? или как и когда правильно платить НДС?

1. 2 кв. - Во втором квартале вы выставляете с/ф покупателю на предоплату и начисляете НДС, берете от поставщика с/в на выплаченную вами предоплату и возмещаете НДС. Итого уплачиваете разницу между начисленным и возмещенным НДС.
2. окончательный расчет - это 100% предоплата? И на что поставщик выслал с/ф? - на предоплату или товар?

поставщик выслал на товар (т. к вместе с накладной)

получается что вы с поставщиком вышли в ноль по взаиморасчетам? оприходовали виртуально товар (хотя не понимаю как это, а где ТТН???)
если так, как я описываю, тогда вы принимаете к вычету ндс по с/ф на товар, а ндс по авансу восстанавливаете.
Отписав товар покупателю, вы начисляете ндс в бюджет, а НДС уплаченный с аванса принимаете к вычету.