вопросы по нюансам новой декларации по НДС
 

БП 3.0 последняя
1) раздельный учет НДС , часть списываем в себестоимость
декларация заполняется правильно автоматически, но в разделе 8 в СФ полные суммы - это нормально ?
2) авансовый отчёт, билеты, ставим галку бланк строгой отчётности и галку сф (иначе БСО не ставится) , программа автоматом ставит № это правильно ?

По п.1. правильно в том случае, если еще и в книге продаж у вас будут отражены суммы восстановленного НДС по этим счетам фактурам который вы включаете в стоимость.
По п.2 жд и авиабилеты являются и первичным документом и счетом фактурой, поэтому их номера попадают в книгу покупок (гл. 21 НК, если не ошибаюсь ст.169)