УТ 11 после обновления в журнале стало выходить 2 строчки от приходов и расходов.
 

УТ 11.4.5.63, после обновления, при создании поступления товара или реализации после записи и проведения в журнале записаны две абсолютно одинаковые строчки при это в отчетах по движению по складам - только один приход или расход. При помечании на удаление одной строки тоже сразу помечаются вторая строка. ТиИС делал несколько раз - всё чисто. Что еще можно сделать и из-за чего такое может быть ?

Попробуй прибить индексы в соответствующей таблице SQL, а затем сделать ТиИС.