Пустые поля Дата и номер счет-фактуры
 

БП 3.0 , релиз 39.60.
В книге покупок по некоторым позициям дата и номер счет-фактуры не проставляются.
Из-за этого при выгрузке декларации НДС выходят ошибки.
это ошибка в ведении учета или программная ошибка?

И даже не надейтесь. Не надо глядеть жалотслово с надеждой.

Ошибка учета.

Подскажите, пожалуйста, в каком направлении смотреть

2-mavayka > В порядок операций. Все должно идти по порядку: если произошло движение ДС с указанием на СФ, то эта СФ на момент движения должна быть. Никаких "оне обещали": должна быть в базе.
Ну и все такое прочее: счет, реализации, СФ, оплата.
Проверяйте "на основании".
Исправления "через заднее число" чреваты. Для этого есть исправительные и корректирующие СФ.

В общем, вытаскиваете любую "некоторую" позицию, и по шагам.