Помогите с настройкой нумерации счет-фактур выданных
 

Подскажите пожалуйста, совпадают номера счет-фактур выданных на реализацию и на возврат товара поставщику, есть ли какая-нибудь настройка кроме изменения номера вручную?

"Возврат" реализацией не является. И потому не требует СФ.
Не надо мудрствовать: "исправительные" СФ придуманы именно для таких случаев.
Т.е., вам надлежит получит у поставщика исправление СФ. Бухпрограмма знает, что с этим делать.