Обойти запрет редактирования в переферийной базе
 

Имею периферийную базу, центральной нет.
Запуская в периферийной базе процедуру ПланыОбмена.УстановитьГлавныйУзел(Неопределено) - и редактирую конфигурацию, но теперь при записи документа выводится ошибка "В центральной базе редактирование документов не разрешено!" Для того чтобы заново начать редактирование приходится запускать процедуру ПланыОбмена.УстановитьГлавныйУзел. Но теперь чтобы сделать изменения в конфигураторе приходится заново запускать процедуру ПланыОбмена.УстановитьГлавныйУзел(Неопределено).
Как мне сделать так чтобы сделать базу можно было редактировать в конфигураторе и проводить документы одновременно?

Обломись.
Распределенная База Данных - это единая база данных. Но распределенная по серверам. Но единая. Потому свои законы: недопустимо, чтоб в одном и том же документе с одного сервера поставщик смотрелся с Вологды, а с другого - из Костромы.
Не хочешь единства? Не объявляй БД распределенной. Пользуй переносы. Тогда в перенесенном документе сможешь заменить поставщика из Вологды на поставщика из Костромы. Потомушто все перенесенное станет таким же родным для БД, как и введенное собственноручно.