Не выгружаются выплаты в ПФ
 

1 шаг. Захожу Документы-Налоги-Журнал расчетов по страховым взносам. Завел документы Начисления взносов, указал там перечисленные суммы по страховой и накопительным частям.
2 шаг. Отчеты-Налоговая отчетность-Подготовка сведений для ПФР. Нажал "Заполнить", сформировал файлы, но там выплат в ПФ нет. Перешел на вкладку "Сведения о сумме выплат", там сформировались свои пачки, отдельные.
А как сделать, чтобы все данные были в одном файле.
Или может я вообще всё не так делаю?

Не надо переходить на вкладку "Сведения о сумме выплат". Там другая отчетность - годовая, причем к выплатам отношения не имеющая, только к начислениям - неудачное название.

Посмотри дату документа начисления взносов! В документе есть описание, внимательно прочитай - дата документа = дата перечисления, надо чтоб была в отчетном периоде!