я делал подбор из отдельного справочника, который содержит товары с остатками.
собственно, такой справочник - "прайс-лист" - был еще в древних типовых ТиС, добавил только актуализацию.
обновляется при проведении документов поступления или обработкой ночью.
в течении дня нулевые позиции могут появляться, конечно, но для работы вполне.

Работает такое, но решение не универсальное (хотя ограничений в принципе нет). Из справочника "Номенклатура" сделал чуть подправленные копии "Номенклатура1". "...2" и тд, в которые для соответсвующего пользователя прямыми запросами выбираются товары с остатками. Дело лишь в числе этих справочников. На другой подход - сделать другую форму подбора на ТЗ или табличном поле не было времени, да и в моем случае полная имитация стандартной формы подбора со списком групп. На 50000 товарах взлетает нормально, но у них обычно отбор по группе. Но и весь справочник не так долго. На sql ваще без проблем, на dbf есть некоторые проблемы с сортировкой и вставка записей делается не прямым отбором, а средствами 1с.

Да, можно попробовать и такие варианты, но пока все работает, трогать не буду. Щас тестирую такой же отбор еще на одной фирме - блин, работает! Кто бы мог подумать, что такое простое решение будет вполене приемлемым.

Спасибо всем, кто принял конструктивное участие в обсуждении проблемы.