КА 2 отражение зарплаты в финансовом учете не закрывается по закрытию месяца
 

начинаем вести учет в комплексной, и зуп еще ведем в отдельной программе, поэтому внесли документ а КА "Отражение зарплаты в финансовом учете", но затраты по зарплате не закрываются на 20 счете, все остальное закрывается на 90.2.1.

в КА свой модуль расчета ЗП аналогичный ЗУП-у...
скорее всего у вас ошибка в настройке способа отражения в части статей расходов...